Bioinformaticus: Neoantigeenvoorspelling voor therapeutische doeleinden

Functie inhoud

Binnen de afdeling Longgeneeskunde zoeken we een zeer gemotiveerde en enthousiaste bioinformaticus die zich bij ons voegt in de ontwikkeling van neoantigen based peptide cancer vaccines voor de behandeling van alvleesklierkanker.

Je belangrijkste taken omvatten:

• Ontwikkelen en onderhouden van een bioinformatica-pijplijn voor de identificatie van neoantigenen.
• Analyseren van sequencing data (WES, RNA-seq) om tumorspecifieke mutaties te identificeren.
• Implementeren en optimaliseren van machine learning-algoritmen voor neoantigeenvoorspelling.
• Integreren van openbare en propriëtaire datasets om de nauwkeurigheid van de pijplijn te verbeteren.
• Samenwerken met wetenschappelijke laboratoriummedewerkers om voorspelde neoantigenen te valideren.
• Onderhouden en documenteren van computationele werkstromen om reproduceerbaarheid te waarborgen.
• Bijdragen aan onderzoekspublicaties en subsidieaanvragen.

Werkomgeving

De Neoantigeen Peptide-groep maakt deel uit van de Solid Tumor Immunology Research Rotterdam (STIRR) groep binnen de afdeling Longgeneeskunde. De STIRR voert fundamenteel, translationeel en klinisch onderzoek uit om de vereisten voor effectieve anti-tumor immuniteit te ontrafelen en de mechanismen achter resistentie tegen immunotherapieën te begrijpen. Ons onderzoek richt zich op verschillende soorten kanker, waaronder longkanker, mesothelioom, pancreaskanker en melanomen.

De Neoantigeen Peptide-groep streeft ernaar nieuwe neoantigeen peptide gebaseerde vaccins te ontwikkelen voor de behandeling van pancreaskanker, een zeer dodelijke kanker met een slechte 5-jaars overlevingskans van <10%, waarvoor nieuwe behandelingsopties dringend nodig zijn.

Daarnaast werk je nauw samen met andere afdelingen zoals de Radiopharmaceutical Chemistry (RPC) groep en de Ziekenhuisapotheek.

Profiel

• Bachelor- of Masterdiploma in Bioinformatica, Life Science, Engineering, Informatica, Informatie Systemen of gelijkwaardig.
• Aantoonbare ervaring met het analyseren van high-throughput sequencing data, inclusief data-analyse, kwaliteitscontrole en interpretatie.
• Kennis van mutatiedata en gen expressie gegevens.
• Vaardigheid in bioinformatica-tools, het maken van werkstromen en Linux-gebaseerde systemen.
• Sterke vaardigheden in bash-scripting en programmeren in R of Python.

Bij voorkeur heb je ook ervaring met:

• HPC-infrastructuur.
• Git voor versiebeheer.
• Kennis van immunologie en cancer genomics.
• Bekendheid met machine learning-technieken.

Bekijk hier de voorwaarden voor indiensttreding bij Erasmus MC.

Wat bieden wij

• Afhankelijk van de werkervaring een tijdelijk contract voor 12 maanden met de intentie om te verlengen.
• Het bruto maandsalaris bedraagt minimaal € 2.932,- en maximaal € 3.923,- (schaal 7) bij een volledige werkweek van 36 uur.
• Een 13e maand die we in november uitkeren en een reiskostenvergoeding.
• Een pensioenverzekering bij het ABP. Wij betalen 70% van je pensioenpremie waardoor je netto salaris hoger uitvalt dan je misschien denkt.
• Sportfaciliteiten in het Erasmus MC. En heb je een lekke band? Onze fietsenmaker repareert deze graag.

Alle arbeidsvoorwaarden zijn conform de cao Universitair Medische Centra.

Meer informatie

Maak van deze vacature jouw nieuwe baan! Solliciteer nu via de sollicitatiebutton. 

Voor meer informatie over deze functie kun je contact opnemen met Koen Bezemer, projectmanager, 06 234 601 08 of k.bezemer@erasmusmc.nl.

Acquisitie naar aanleiding van deze advertentie is niet gewenst.